1938年7月，日寇步步进逼，武汉外围军情紧急。湖北省主席陈诚决定把全省公私中学合并，向鄂西山区转移，组成湖北省联合中学，省立黄冈初级中学在校长张翮带领下迁到利川与汉口实验中学合并，称湖北联中利川分校。但是黄冈初中的师生随之西迁的是极少数，绝大多数师生仍留在鄂东。1939年，为了解决青年学子就学问题，鄂东专员程汝怀等利用原省立黄冈初中的基本力量，组建湖北联合中学鄂东分校。程自兼校长，蔡礼成为主任综理校务。校址设在罗田山区三解元（当时属黄冈）一带。校舍利用各族祠堂庙宇和少数民房，因陋就简，略加修缮。分黄冈、黄安、苏春三处招生。录取学生900余名，计高中3班、初中11班、女子1班，另简师1班、师训2班、补习2班，共20班，分高中、初中、女子三部。高中部设泗泊河，初中部设三解元，女子部设麻冲河，简师及师训班设三里畈。1940年2月，奉令将鄂东各县中学改为本校分部，1941年7月，各县初中仍归各县。1942年2月，遵省府命令将鄂东分校分为三校，高中部及男初六班改为湖北省立第二高级中学，简称"二高"，设三解元，冯德清为校长；师训、师范班及男初七班改为省立第二师范，设泗泊河；女生部改为省立女子第二高中，设麻冲河。7月，女二高并入二高，张国威为校长。1943年2月，蔡礼成为校长，实行学年制，停止春季招生。1945年7月，邓谷代理校长，8月，日寇投降，学校奉令迁回黄州，因黄州校舍毁坏，年底，暂迁至浠水下巴河。1946年7月，应余庆为校长。1947年2月，改名湖北省立黄冈高级中学，简称"黄高"。1947年8月，利逢运为校长，学校迁回黄州东门外新校舍（现黄州中学校址）。10月，刘邓大军南下，占领团风，国民党惊慌失措，命学校迁汉阳湘乡会馆。1948年迁回黄州。1948年秋，张希洁任校长，1949年5月14日，黄州解放，黄冈中学回到人民手中。

　　抗战期间，物资缺乏，教学用品严重不足。开始，学生课本除国文为铅印外，其余都是油印。夜晚自习，几个人共一盏油灯。师生生活相当困难，虽是公费供给，实际难以聊生。每天两粥一饭，蔬菜除学生自种供给一部分，其余只有豌豆，同学戏称"滚血珠"。几座破庙，挤着上千学生，晚上连翻身都困难。1942年和1947年还病死了十多名学生。然而，艰难的时世，艰苦的生活，却培养了学生吃苦耐劳，朴素勤学的特点，有的学生毕业题词说："别忘了蕙兰山下茅屋祠堂，长回味三解元内糙米豌豆 。"师生常以救亡团存，以身许国相勉，唱着"蕙兰山下，泗水溪头，良师益友，朝从夕游，爱惜这泗水，韶华休闲度"的校歌，互相激励。深山的古寺，漫山遍野，书声歌声相应和，声振林木。

　　1945年12月省督学韩萧视察二高的报告中谈到的情形，比抗战初期中期已大改善，但仍可见当时困难情形之一般。报告上说："查该校位于黄冈三解元，校舍均系租借民房或祠堂，计共分拾部，每部距离三里或五里不等，职经视一周，费时一日有半，其星散情形，于期可见。各部学生教学寝室厨房皆单独疫立，光线尚可亦颇整洁，每部有导师一人或二人管理学生，但人民杂处其间，管理殊多不便。该校学生计分二十三班，每班有五十名或六十名，共有1203名，三年级学生有四组，上课时多合班，据校长面称，因师资缺乏不合班即无法上课。该校缺生物、理化等科教员，应当补充。该校尚多优良量教师，上课情绪颇紧张，学生亦能潜心听讲。但女生部教师较劣，资历不深也。该校有图书馆，仅存杂志数册，但无图书，甚至教员休息室中无一本字典。学生各科课本皆齐全，间系鄂东印书馆翻印，学校统筹购备。学生伙食系学生组织膳食委员会办，学校派员监督，每日三餐，上下午稀饭，正午干饭，副食每餐只一碗，多为豆类。该校现决迁黄州之巴河，关于各教员，犹应勿令自由星散也。"

　　这十年，学校对学生思想控制很严，学生实行军事管理，"学则"分学科、军事、体育、操行四项，有一项不及格即不能升级。但是，学生仍多次起来进行斗争。1940年春，学生痛打并赶走了凶暴的军事教官，1944年春，学生示威反对集中军训，秋季因为球赛引发争端而捣毁鄂东行署；1947年夏游行声援武大"六一"惨案；解放前夕积极进行护校斗争。
　　从联中到黄高，共培养初中毕业生657人，高中毕业生1346人。不少人在祖国建设的各条战线上作出了重要贡献，著名的有：

　　冯健男，1943年毕业，后考入北京大学西语系。1949年参加解放军，历任中南军大广西军校宣传干事《解放军文艺》编辑，现为河北师范大学中文系教授，中国当代文学学会副会长，中国小说学会副会长全国毛泽东文艺思想研究会理事、中国解放区文艺研究会理事。是著名的文学理论家，主要著作有《作家的艺术》《创作要怎样才会好》《作家论集》等。

　　柴挺生，1942年毕业，后考入中央大学水利系。从事水利研究近50年，专攻"泥沙问题"，"航道整治"，"河床演变"。近20年来，从事葛州坝工程、三峡工程泥沙问题研究，发表论文专著40篇（部），获国家科技进步特等奖及国家、部级二、三等奖，被水利部聘为"三峡工程论证专家组专家"。

　　何光裕，1945年毕业，考入武汉大学经济系。曾任黑龙江省财政厅会计工程管理处科长、代处长、财政科研所政策研究室主任。现为哈尔滨经济管理学院客座教授，黑龙江处北主会计师事务所顾问。在我国会计界享有较高声誉，是我国财产收付记账法的主创人。发表论文60余篇，合编著作十余种，多次获国家统计局、中国统计学会、中国财经学会科研成果奖，其事迹收入《中国当代经济学者辞典》。

　　田启亚，1947年毕业，后在国立湖北师范学院，武汉大学专修英文。在大学时参加共产党地下活动，建国前入伍，长期在党政军中央机关工作，曾任联合国组织国际官员，中国驻外大使馆文化官及新闻官，现任国务院机构部门负责人，世界发展研究所特约研究员。

　　易宪武，1945年毕业，原昆明工学院副教授，冶金高级工程师，中国化学化工学会会员、中国金属学会会员。长期任冶金研究专题负责人，译校英俄日德法等外文论著万字，发表科研论文数十篇，著作《无机化学业书第七卷钪》属国家权威性参考书。所研究的高纯锑全分析法成为确定部颁标准的基础，还研究成功矿石中微量氟的测定方法，原子反应堆材料锆和铪的分离等，晚年又自力研究云母钛珠光颜料，获得成功。　　

　　闻伯英，1948年毕业，湖北农科院粮食作物所所长，教授级高级农艺师。在杂交水稻栽培，制种技术工作和农业区旬工作中取得显著成绩，荣获多项奖励，被评为湖北省推广杂交水稻先进工作者。享受政府特殊津贴。著有《早稻温室育秧》《杂交水稻》《怎样种杂交水稻》《河北省农业资源与综合农业区划》等。